Bereits im 6. Jh. existierte an dieser Stelle eine kleine Kirche. Etwa ab Mitte des 9. Jh. siedelten sich die ersten Benediktinermönche an. Das Kloster wurde schnell zu einem der bedeutendsten religiösen und kulturellen Zentren Italiens und erreichte nach dem Jahr 1000 seine größte Blütezeit. In dieser Phase erstreckte sich die spirituelle, politische und legislative Macht des Abtes auf sämtliche umliegenden Gemeinden. Die umfangreichen Lehen der Abtei wurden von Codigoro aus verwaltet. Den deutlichsten Sprung in ihrer kulturellen und spirituellen Entwicklung machte die Abtei, als ihr der Hl. Guido degli Strambiati vorstand. Dieser Abt führte in das Leben der Mönche eine große Strenge ein. Ein weitere Persönlichkeit, die in dieser Zeit in der Abtei lebte, war Guido da Pomposa, der Erfinder der modernen Notenschrift, der irrtümlicherweise auch Guida d’Arezzo genannt wird. Auf der gegenüberliegenden Seite befindet sich der Palazzo della Ragione, in dem die Rechtssprechung über die Lehen ausgeübt wurde. Da das Gebäude von Beginn an keine religiöse Funktion erfüllte, war es von der eigentlichen Klosteranlage getrennt.
